Le Téléthon a permis en 2005 de récolter 104,1 millions d'euros, soit l'essentiel (87%) des ressources de l'Association française contre les myopathies (AFM). L'AFM publie chaque année un rapport annuel et des comptes financiers. Dans son tableau de bord pour 2005, l'association précise qu'elle "veille à ce que ses frais de gestion et de collecte ne dépassent pas 20% des fonds employés, les 80% restant étant utilisés pour les missions sociales" (aide aux malades et recherche). Sur 100 euros collectés, 10,8 euros vont aux frais de collecte: traitement des dons et legs, participation à la production des 30 heures d'émission télévisées, équipement des 36 équipes de terrain etc.. 7,7 euros vont aux frais de gestion de l'Association (assemblée générale, rapport annuel etc.). 2,3% vont aux actions de communication. L'essentiel de l'argent, soit 81,5 euros est consacré aux "missions sociales" de l'AFM, avec deux grands postes: l'aide aux malades et les recherches. 51,8% des fonds utilisés en 2005 sont allés au financement de recherches et de traitements, à travers le Généthon, l'Institut de Myologie, les appels d'offres et les programmes internationaux comme celui de la Harvard Medical School, les partenariats industriels et enfin les essais thérapeutiques. Une petite portion (1,4% des fonds) a été dirigée, selon la présidente de l'AFM Laurence Tiennot-Herment sur des programmes de recherche sur les cellules souches embryonnaires, contestés par des responsables de l'Eglise catholique. 27,4% des ressources employées en 2005 sont allés aux malades et à leurs familles, à travers les consultations, les services régionaux d'aide, les Journées des familles. Entre 2004 et 2005, les frais de gestion de l'association ont diminué pour peser 7,7% des ressources contre 8,9% en 2004. La mission "guérir" a bénéficié d'une forte croissance de ses ressources (+24,4%).